Dal 10 giugno al 9 settembre 2012, nella stazione di Milano Cadorna, sono previsti i lavori di rinnovo e manutenzione straordinaria con la sostituzione totale dei binari con nuove rotaie, traverse e scambi; il rinnovo del pietrisco della massicciata dei quattro binari in uscita, sino al cavalcavia di via Massena; l'ampliamento dei due parchi di ricovero vetture (via Mario Pagano).
I lavori sono stati programmati nel periodo estivo per ridurre al minimo i disagi, tuttavia si potrebbero verificare alcuni ritardi alla circolazione treni.
Sono previste modifiche al servizio delle linee suburbane S3 "Saronno-Milano N. Cadorna" e S4 "Camnago-Lentate-Milano N. Cadorna".

I treni del servizio suburbano S3 compresi nella fascia oraria dalle ore 6.23 alle ore 20.02, subiranno nelle giornate lavorative dal lunedì al sabato, le seguenti variazioni:
SARONNO - MILANO BOVISA - MILANO CADORNA (soppressioni tra Milano Bovisa e Milano Cadorna)
Tutti i treni dal n. 812 (p. 06.23 Saronno) al n. 874 (p. 19.23 Saronno) soppressi da Milano Bovisa a Milano Cadorna.
Dopo qualche minuto questi treni ripartiranno da Milano Bovisa come treni S13, proseguendo nel Passante in
direzione Pavia.
MILANO CADORNA - MILANO BOVISA - SARONNO (soppressioni tra Milano Cadorna e Milano Bovisa)
Tutti i treni dal n. 813 (p. Milano Cadorna 06.32) al n. 881 (p. Milano N. Cadorna 20.02) in direzione Saronno, soppressi da Milano Cadorna a Milano Bovisa.
Tutti questi treni arriveranno a Milano Bovisa direttamente dal Passante, come treni S13, e dopo qualche minuto proseguiranno per Saronno.
Contestualmente e per il medesimo periodo saranno soppressi i treni S 12818 (p. 07.41 Garbagnate M.) e 12822 (p. 08.11 Garbagnate M.), nella sola tratta da Garbagnate M. a Milano Bovisa.

Alcuni treni del servizio suburbano S4, da Camnago Lentate a Cadorna, nelle giornate lavorative dal lunedì al sabato si attesteranno a Milano Bovisa, sia in partenza che in arrivo. 
Contestualmente e per il medesimo periodo saranno  soppressi i treni  S4 12918  (p. 07.37 Palazzolo M.) e  2720  (p. 07.26 Camnago-Lentate), a beneficio del treno S4 4720 (p. 07.24 Camnago-Lentate) la cui periodicità diverrà giornaliera.